Rubén Amorín al rescate En 1990-91 perdió el cetro y el tricampeonato en partido extra contra sus férreos adversarios del Comunicaciones, pero en la fase de clasificación versión 1991-92 nuevamente fue primero y en la hexagonal bajó a la cuarta posición.
Pero cuando se llegó a enfrentar al Comunicaciones como el líder de la hexagonal, los rojos nivelaron el primer juego sin gol. En el segundo el triunfo fue escarlata por 2-1, y así Municipal llegó a reconquistar su campeonato perdido bajo la dirección de Rubén Amorín.
Cordero y trofeo número 15
Común era jugar la fase de clasificación y colocar a los mejores seis para disputar los laureles. Municipal, una vez más, lideró los 22 partidos y fue el primero en los otros 10 de la hexagonal, para haber llegado con todo orgullo a otro título bajo la dirección del técnico argentino Horacio Cordero.
Municipal, 16 veces campeón de Liga
En el mes de julio de 1999 se cambió totalmente el sistema de competición por los campeonatos de liga. Se llamarían en lo sucesivo Apertura y Clausura.
En el de Clausura, nuevamente rojos y cremas, en el “derbi de derbis”. En el primer juego Municipal perdió 2-1, pero en el decisivo la victoria escarlata fue de 2-0, con un golazo del paraguayo Carlos Gonzalez casi al final del juego. Así llegó la corona número 16 bajo la dirección del entrenador argentino Horacio Cordero.
El título 17
En el torneo de Clausura 2000-2001 la furia roja fue campeona de liga. Una final más contra su eterno rival de medio siglo, el Comunicaciones. No hubo derrotas, pues dos empates bastaron para que Municipal llegara a su corona número 17 y se colocara a una de los cremas.
COPA UNCAF
El 5 de dciciembre Municipal alcanzó su cuarto título del área. Derrotó en su debut al Alianza salvadoreño por 4-1. Las cosas parecian complicarse para los rojos al perder frente al Olimpia de Honduras por 1 a 0. Pero luego de que sorpresivamente el Olimpia perdiera contra el Alianza, Municipal derrotó por 1 a 0 al Saprisa, y se convirtió en el nuevo monarca de Centro America.
El milagro de Arita (Inicio de la era Almeida)
Luego de haber perdido en el estadio Verapaz 3 a 0, poca gente se imaginó que Municipal fuera capaz de revertir ese marcador en el Mateo Flores.
Del “sí se puede, sí se puede” al “sí se pudo, sí se pudo”, fue el himno de 20 mil aficionados rojos que vibraron con el tercer gol rojo. Sufrimos cuando Arita salvó los cabezazos de Regilson Soares y saltamos de alegría tras la definición en penaltis. Juan Carlos Plata anotó dos goles y Julio Girón uno para la causa escarlata.En los penaltis anotaron por Municipal: Gonzalo Romero, Jacinto Zorrilla, Walter Estrada y Sergio Guevara.
Por Cobán, Regilson Soares y Sergio Morales, pero fallaron Milton Cabrera y Walter Alegría.
Por Cobán, Regilson Soares y Sergio Morales, pero fallaron Milton Cabrera y Walter Alegría.
Otra final contra los pálidos, No. 19
El día 16 de junio del 2002 Municipal se encontraba nuevamente con el marcador en contra, al haber perdido el juego de ida 2-1, pero como siempre, la garra escarlata saldría a relucir.
El primer gol rojo llegó por medio del Lic. Selvyn Ponciano, por medio de un centro de Gonzalo Romero. El gol del campeonato lo hizo, la pesadilla de todos los equipos que se enfrentan a Municipal, Juan Carlos Plata, luego de una estupenda jugada del Pando Ramirez. La copa la ricibió Julio Girón.Municipal llega a las dos decenas
Municipal se enfrentó nuevamente a los pálidos en una final coloreada por la cercanía de las elecciones del año 2003. En el juego de ida celebrado el día 26 de diciembre, los rojos vencen a los otros por 3 a 2, con goles del Licenciado Ponciano, Carlos Figueroa, y el tercero, del infaltable Juan Carlos Plata. El partido de vuelta Municipal fue amplio dominador pero no pudo vencer la porteria de el otro equipo, y finalizaron 0 por 0, dando este marcador el titulo número 20 a LOS ROJOS.
